Головним напрямом роботи відділення є хірургічне лікування найбільш складних ВВС у новонароджених та немовлят. Щорічно у відділенні виконується близько 600 операцій при  ВВС у дітей різного віку, в тому числі до 200 оперативних втручань – у дітей до одного року. Справу, розпочату доктором медичних наук Л. М. Сидаренко та членом-кореспондентом НАМН України М. Ф. Зіньковським, сьогодні продовжують академік НАМН України В. В. Лазоришинець, кандидат медичний наук С.О. Сіромаха та доктор медичних наук Я. П. Труба. з командою досвідчених фахівців

Для лікування пацієнта під час вибору хірургічної тактики ми використовуємо індивідуальний та науковий підхід, який базується на результатах найсучасніших клінічних досліджень, виконуємо весь спектр хірургічних операцій при вроджених вадах серця у дітей.

В останні роки в інституті втілені та виконуються практично всі існуючі в світі кардіохірургічні операції при вроджених вадах серця у дітей різних вікових груп з результатами на рівні провідних кардіохірургічних клінік світу. Відділ працює над зміною підходів стосовно вибору тактики лікування хворих з ВВС на перевагу мініінвазивних та ендоваскулярних методів. Наш досвід широко використовується в інших кардіохірургічних центрах країни. Інститут з 2010 року є лідером в Україні з ендоваскулярного лікування вроджених вад серця.

Ми спеціалізуємося на:

• Пренатальній діагностиці вроджених вад серця;
• Хірургічному лікуванні складних вроджених вад, зокрема синдрому гіпоплазії лівих відділів серця;
• Сучасних пластичних операціях при аномалії Ебштейна;
• Хірургічному лікуванні вроджених вад серця з мініінвазивним оперативним доступом до серця, в тому числі із використанням відеоторакоскопії, що забезпечує чудовий косметичний ефект;
• Ендоваскулярному (без розрізу грудної клітки) закритті дефектів міжшлуночкової та міжпередсердної перегородок, відкритої артеріальної протоки;
• Виконанні операції з приводу вроджених вад серця без використання донорської крові.
• Виїзних втручаннях в перинатальних центрах, відділеннях неонатології у глибоко недоношених дітей.

Ми розвиваємо напрямки:

• Мініінвазивних операцій при вроджених вадах серця;
• Лікування дорослих з вродженими вадами серця (GUCH пацієнти);
• Ендоваскулярного закриття дефекту міжшлуночкової перегородки;
• Ендоваскулярної імплантації аортального клапана та клапана легеневої артерії;
• Програму гібридних операцій при синдромі гіпоплазії лівих відділів серця;
• У співпраці з «Novick Cardiac Alliance» працюємо над удосконаленням методів хірургічного лікування пацієнтів з вродженими вадами серця, які супроводжуються високою легеневою гіпертензією;
• Використання Екстракорпоральної мембранної оксигенації в хірургії вроджених вад серця;
• У співробітництві з ДУ «ІПАГ імені академіка О.М. Лук’янової» запроваджено та продовжується робота нового наукового напрямку з акушерської кардіології та кардіохірургії.